Historia kościoła św. Józefa
Istniejący do dziś murowany kościół świętego Józefa został wybudowany w latach 1694-1702 na miejscu pałacu Tęczyńskich (Opalińskich), konsekrowany dnia 23 września 1703 r. przez biskupa krakowskiego Kazimierza Łubieńskiego. Kościół został częściowo zniszczony w wielkim pożarze Krakowa w 1850 roku: spalił się dach i stopiły dzwony. Ale już w tym samym roku przed zimą pokryto kościół dachem i poświęcono dwa nowe dzwony.
Kościół jest budowlą barokową, jednonawową, na planie prostokąta o osi biegnącej z południa na północ. Boczną dłuższą fasadą zachodnią, w której znajduje się wejście, zwraca się ku ulicy.
Główny ołtarz, przylegający do południowej ściany kościoła, późnobarokowy, jest wykonany z drewna i malowany na ciemny niebiesko-zielony, prawie czarny kolor. Jest on dwukondygnacyjny, ozdobiony złoconymi kolumnami i liśćmi akantu oraz postaciami aniołów, zwieńczony rzeźbionym w drewnie i złoconym Okiem Opatrzności.
W środku ołtarza znajduje się łaskami słynący obraz świętego Józefa z Jezusem w wieku chłopięcym. Obraz pochodzi ze szkoły włoskiej, namalowany został ok. 1600 r. w stylu manierystycznym.
Obraz ten – według tradycji przekazanej przez kronikę klasztoru – otrzymał w 1627 roku od papieża Urbana VIII biskup Jakub Zadzik. Papież, przekazując biskupowi obraz, miał go zobowiązać do wybudowania w Krakowie kościoła pod wezwaniem świętego Józefa. Biskup podarował obraz swej siostrze zamierzającej założyć w Krakowie nowy klasztor. Został on umieszczony w pierwszym drewnianym kościółku, a następnie przeniesiony do nowego murowanego.
W górnej części ołtarza znajduje się obraz przedstawiający zaślubiny Maryi ze świętym Józefem. Jest to kopia obrazu Rafaela.
Cztery ołtarze boczne, umieszczone we wnękach pod oknami, są późnobarokowe. Każdy z nich posiada mały obraz w zwieńczeniu i po dwa duże obrazy w części centralnej. Pierwsze są widoczne przez cały rok, z wyjątkiem kilkunastu dni, gdy są przykrywane spuszczanym drugim obrazem na okres nowenny przed uroczystością danego świętego i zostawianym przez całą oktawę.
W ołtarzu pierwszym po stronie lewej znajduje się obraz Matki Bożej Niepokalanej, przysłaniany obrazem świętej Anny z I połowy XVIII wieku malowanym przez Wilelmówną, z obrazem świętej Róży z Witerbo w zwieńczeniu; w drugim obraz świętego Antoniego z Padwy, przysłaniany obrazem świętej Elżbiety Węgierskiej, z obrazem Pana Jezusa dźwigającego krzyż w zwieńczeniu.
W pierwszym ołtarzu po stronie prawej znajduje się obraz przedstawiający stygmatyzację świętego Franciszka z Asyżu, namalowany w połowie XVIII wieku przez Andrzeja Radwańskiego, przysłaniany obrazem świętej Klary z Asyżu z połowy XVIII wieku, z obrazem świętej Elżbiety Węgierskiej w zwieńczeniu;
w drugim obraz świętej Agnieszki męczennicy, namalowany w roku 1960 przez siostrę Anielę Kisielewską, bernardynkę, przysłaniany obrazem świętych: Bonawentury i Tomasza z Akwinu, namalowanym przez Wilelmówną w I połowie XVIII wieku, z obrazem świętej Klary w zwieńczeniu.
Dwa pozostałe ołtarze boczne, umieszczone w nawie po obu stronach prezbiterium, pochodzą z roku 1936, stylowo i kolorystycznie są dostosowane do pozostałych.
W ołtarzu po stronie prawej umieszczona jest figura Serca Pana Jezusa, po stronie lewej znajduje się łaskami słynąca późnogotycka figurka Dzieciątka Jezus zwanego Koletańskim, pochodząca ze skasowanego w roku 1823 klasztoru świętej Kolety (stąd jej nazwa). W zwieńczeniach tych ołtarzy znajdują się obrazy: świętego Szymona z Lipnicy po stronie prawej i błogosławionego Władysława z Gielniowa po lewej.
Polichromia kościoła została wykonana przez artystę Jana Bukowskiego w roku 1913. Do dekoracji użyto głównie emblematów eucharystycznych oraz motywów roślinnych: sploty kwiatów i winorośli z gronami. Na ścianach pod chórem artysta umieścił dwie sceny z życia świętego Franciszka z Asyżu. Ten sam artysta wykonał również dwa duże obrazy przedstawiające chóry anielskie, umieszczone w prezbiterium nad zakrystiami.