Powstanie Zakonu
Św. Franciszek z Asyżu, założyciel dwóch zakonów, nadał niektórym istniejącym już grupom pokutników dynamikę niezbędną do ewangelicznej odnowy, organizując w ten sposób tzw. Trzeci Zakon Pokutników. Jego członkowie, żyjący w stanie małżeńskim, wolnym lub jako celibatariusze, zobowiązywali się do szeregu wyrzeczeń. Wyrażali to w sposób zewnętrzny poprzez skromny ubiór, zwiększoną w stosunku do innych katolików częstotliwość podejmowania postów oraz przyjmowania sakramentów.
Pierwszą oficjalną informację o braciach pokutujących dał papież Honoriusz III. Na mocy bulli polecał biskupowi Rimini w 1221 r., aby wstawił się za nimi u władz miejskich, nakazujących braciom pod przysięgą noszenie broni w obronie miasta. W 1238 r. papież Grzegorz IX w liście skierowanym do św. Agnieszki Czeskiej wspomniał już o trzech zakonach pochodzących od św. Franciszka: braci mniejszych, sióstr klauzurowych i pokutników.
Kanonicznego uznania Świętego z Asyżu za założyciela zakonu pokutniczego dokonał franciszkanin, papież Mikołaj IV bullą Super montem, wydaną 18 sierpnia 1289 roku. Nadał także pokutnikom Regułę, autorstwa Karola z Florencji, wizytatora apostolskiego braci pokutujących, pozostawiając niemal bez zmian tekst Memoriale z 1228 roku.
Ustanawiając Braci Mniejszych wizytatorami pokutników, papież związał ich z pierwszym zakonem. Miało to decydujące znaczenie dla trzeciego zakonu. Do jego rozpowszechnienia bowiem przyczynili się propagatorzy reformy Braci Mniejszych, między innymi święci Bernardyn ze Sieny i Jan Kapistran. Ten ostatni w dziele Defensorium tertii ordinis beati Francisci bronił osobowości i autonomii prawnej Trzeciego Zakonu w Kościele katolickim.
Zakon pokutny począwszy od końca XIII w., zaczął podlegać powolnej mutacji strukturalnej. W jego łonie powstawały osobne grupy mężczyzn i kobiet, zmierzające do życia pustelniczego i we wspólnocie. Wskazując przyczyny powstania tych ostatnich należy wymienić: odbywanie praktyk religijnych w ustalonych kościołach, organizację pracy w szpitalach i potrzebę wzajemnej pomocy. Bracia i siostry byli zobowiązani do posłuszeństwa swojemu przełożonemu, celibatu i wspólnoty dóbr materialnych.
Zbliżenie tej grupy do organizacji klasztornej dało początek Trzeciemu Zakonowi Regularnemu.
W XIV w. pod względem liczbowym zwiększyły się tercjarskie społeczności zarówno męskie, jak i żeńskie. Papież Jan XXII w bulli Altissimo in divinis, wystawionej w 1323 r. pochwalał praktykę składania ślubów przez tercjarzy. Kolejni papieże nadali im scentralizowaną organizację, Regułę, habit oraz klauzurę dla zakonnic. Oprócz składanego wcześniej ślubu posłuszeństwa, członkowie zostali zobowiązani do ślubów uroczystych. Dochodziły zatem jeszcze śluby czystości i ubóstwa. Wspólnoty organizowały się w kongregacje. Za pozwoleniem przełożonych miejsca i pierwszego zakonu organizowali kapituły i wybierali własnych przełożonych. Zasadniczo niekontrolowane życie zakonne, dzięki papieskim wskazaniom, osiągnęło zinstytucjonalizowany kształt.
W 1451 r. włoski franciszkański misjonarz i kaznodzieja św. Jan z Kapistrano (1386-1456) rozpoczął działalność misyjną na terenach środkowoeuropejskich. Udał się w podróż, w towarzystwie dwunastu współbraci, z Italii do Wiednia, a następnie do Pragi czeskiej. W Wiedniu głosił kazania pokutne w języku łacińskim, tłumaczone następnie na niemiecki.
Kiedy przybył do Krakowa, głosił na rynku krakowskim płomienne kazania. Przyjmował również do Zakonu Braci Mniejszych Obserwantów kandydatów spośród tamtejszych scholarów, mistrzów i profesorów uniwersyteckich, zakładając dla nich klasztor obserwancki pod wezwaniem św. Bernardyna ze Sieny (22 VII 1451).
Św. Jan Kapistran jako propagator idei tercjarstwa miał także wpływ na rozkwit Trzeciego Zakonu Regularnego w Polsce, przy klasztorach bernardyńskich.
Prawdopodobnie to on utworzył pierwszą wspólnotę sióstr. Gdzie mieszkały początkowo przyjęte tercjarki, trudno dokładnie określić. Zapiski testamentowe w aktach miejskich krakowskich z lat 1456 i 1458 wspominają, że „siostry zakonu św. Bernardyna mieszkały wspólnie przed bramą Mikołajską.”
W niecałe dziesięć lat od przybycia św. Jana Kapistrana do Polski, w 1459 roku powstał w Krakowie pierwszy formalny klasztor sióstr z kościołem pw. św. Agnieszki. W dwa lata później wikariusz prowincji polskiej bernardynów, o. Gabriel Rangoni z Werony, na mocy specjalnych uprawnień uzyskanych od papieża Piusa II nadał im ustawy i zaprowadził klauzurę.